Saradnja nekadašnje Kancelarije za traženje nestalih i zarobljenih lica Republike Srpske sa nadležnima u, tada Srbiji i Crnoj Gori, i Hrvatskoj regulisani su Amsterdamski i Neumskim sporazumom, dok je u pripremi međudržavni protokol za rješavanje problema nestalih lica između BiH i Hrvatske, za koji je zadužena Radna grupa Savjeta ministara BiH. Sporazum već postoji sa Srbijom i Crnom Gorom. I pored potpisanog, saradnja sa Republikom Hrvatskom se odvija samo u dijelu primopredaje identifikovanih tijela, kao i monitoringa prilikom ekshumacija na teritoriji ove države.

Hrvatski Vladin ured za zarobljene i nestale i županijska tužilaštva nisu izrazili spremnost da ekshumiraju tijela ili pak uzmu koštane uzorke za DNK iz tzv. "zajedničkih grobnica" sa tijela za koje članovi porodica više od 10 godina znaju po osnovu dobijenih protokola, što predstavlja najdrastičnije kršenje ljudskih prava. To obrazlažu nemogućim, jer su tijela u takozvanim zajedničkim grobnicama pa, kako tvrde, postoji mogućnost zamjene. Od Kancelarije i porodica se traži da sačekaju da grobnice, za koje su zainteresovani, dođu na red po predviđenom planu.