Jedan od najvećih problema u procesu traženja nestalih lica je nedostatak informacija o lokacijama grobnica sa posmrtnim ostacima nestalih lica, što se odrazilo na broj riješenih slučajeva, koji je iz godinu u godinu sve manji.

Tako je do 2000. godine prosjek godišnjih ekshumacija koje su obavljene u organizaciji Komisije - Kancelarije RS bio 417 tijela, a od 2000. do 2004. godine on je smanjen na 232. U 2004. godini pronađena su 146 tijela, 2005. godine 149, u 2006. godini 91, a u 2007. godini 61 tijelo. Ako bi se ovako nastavilo, proces traženja nestalih bi došao u potpunu blokadu, jer sve je veći broj predvizita i neuspjelih ekshumacija.

Izostala je sistemska podrška ovom procesu od strane nadležnih organa i institucija, nadležnih da operativno istražuju informacije o potencijalnim grobnicama, provjere njihovu vjerodstojnost i ustupanje podataka nekadašnjoj Kancelariji na korištenje. U praksi do podataka o grobnicama dolazili su njeni službenici, iako nisu ovlašćeni za sprovođenje istraga i uzimanja izjava od svjedoka. Takođe, problemom nestalih se manipuliše u dnevno-političke svrhe i to na način da se broj žrtava drugog naroda umanji, a vlastiti gubici uvećaju, što ovaj proces čini još složenijim.

S obzirom na činjenicu da je najveći broj nestalih osoba žrtve grubih kršenja ljudskih prava i ratnih konvencija, izvršilac je preduzeo mjere na izmještanju grobnica, s ciljem prikrivanja tragova. To je, u najvećoj, mjeri, djelo samih izvršilaca zločina.