Pod pokroviteljstvom Kancelarije visokog predstavnika 1996. godine, potpisani su Banjalučki i Sarajevski sporazum, kojim je bila utvrđena metodologija i procedura rada entitetskih komisija.

Zakonom o nestalim osobama BiH precizirano je slijedeće:
"..Nestala osoba je osoba čija porodica nema vijesti o njemu ili njoj ili je prijavljena na osnovu pouzdanih informacija kao osoba čija sudbina nije razjašnjena usljed oružanog sukoba koji se dogodio na teritoriji bivše Jugoslavije. Zakon se odnosi na osobe koje su nestale u periodu od 30. aprila 1991. do 14. februara 1996. godine.."

Metodologija istraživanja sudbine nestalog lica podrazumijeva angažovanje svih nadležnih organa i institucija, koje se bave istraživanjem, dokumentovanjem i procesuiranjem ratnog zločina, ali i onih koji se bave humanitarnim poslom. Misli se na ministarstva unutrašnjih poslova i odbrane, vojske, obavještajnih organa i službi, Službe traženja Crvenog krsta i Međunarodnog komiteta Crvenog krsta, kao i sudskih organa u smislu prikupljanju informacija o potencijalnim grobnicama, kao i okolnostima stradanja određene osobe i ustupanja istih na korištenje Kancelariji.

Nakon dobijene informacije, službenici Kancelarija su u prisustvu predstavnika Međunarodne komisije za nestale osobe, kao posmatrača, izviđali mikrolokacije potencijalne grobnice i vršili procjene u vezi organizacije ekshumacije. Drugim riječima, obavljali su se svi poslovi značajni za planiranje i organizovanje ekshumacija (provjeravalo se da li ima mina zaostalih iz rata, bezbjedonosno stanje, u kakvom su stanju prilazni putevi, naseljenost, vrsta zemljišta, način ekshumacije, neophodna podrška stručnjaka - speleolozi, mašine...).

Potom se obavještavalo nadležno tužilastvo Srpske, koje na osnovu dobijenih podataka obavještavalo sudiju za prethodni postupak. On donosi naredbu za ekshumaciju i obdukciju ekshumiranih tijela koju provodi nadležno tužilaštvo.

U vršenju ekshumacije, kao sudsko - istražne radnje, pored službenika Kancelarije, bili su angažovani i antropolog, vještak sudske medicine, kriminalistički tehničar i inspektor Ministarstva unutrašnjih poslova Srpske, dok se, po potrebi, angažovani demineri, speleolozi, stručnjaci iz drugih oblasti, teška mehanizacija.

U skladu sa pomenutim sporazumima, ekshumaciju je pratio predstavnik Međunarodne komisije za nestale osobe i predstavnik Federalne komisije za nestala lica.

Obdukciju je obavljao vještak sudske medicine po naredbi nadležnog tužioca. Tada su se rekonstruisali skeletni ostaci, utvrđivale povrede kao i uzrok, način smrti i sačinjavala odgovarajuća dokumentacija. Poslije obdukcije, u prisustvu članova najuže porodice, identifikaciju je obavljalo nadležno tužilaštvo u prisustvu vještaka sudske medicine.

Cijeli posao, od ekahumacije, preko identifikacije, ispraćaja i predaje tijela porodicama, planirala je i organizovala Kancelarija, o čemu se formirala potrebna dokumentacija i evidencija. Sve što se dešava praćeno je analitičkim poslovima, s ciljem ažuriranja liste nestalih lica i ustupanjem raspoložive dokumentacije nadležnim organima na dalje korišćenje.